南北交战
参战粉碎了复辟，虽然复辟和讨逆都只是儿戏，但这一过程为段祺瑞赢得了极高的荣誉。而日本国内此时也发生了变化。此前日本一直逼迫着袁世凯签署《二十一条》，那时日本认为一战是日本独霸中国的天赐良机，以为可以借此把中国一举拿下。但在操作时困难重重，这种强势的压迫引起了中国国内的强烈反弹，同时也引起了西方国家的不满。日本掂量了一下自己的实力，知道自己不可能一口吞下中国，如果真要冒险强行开战，那么列强在结束了欧洲战事以后，很可能会马上调转头来，回到亚洲打它。所以，日本逐渐改变了对华的强硬路线。1916年后，日本的对外政策发生转变，大隈内阁下台了。当时日本的军国大事都是一帮军界元老说了算，大隈虽是武人出身，但干得不好，结果就被撵下台了，然后由寺内正毅组阁。寺内内阁是一个财阀性的内阁，寺内正毅原本是朝鲜银行的总裁，他在当总裁时和西原龟三的私交甚好。寺内当了首相之后，西原可以不经通报，直接进入寺内的内室，由此可见两人的亲密程度。
寺内为了掌控有关中国的真实信息，就把西原派往中国，希望他亲身观察一下中国的情况，与有关政界人士联络，为日本制定对华政策搜集资料、提供建议。[注] 西原龟三到中国转了一圈，搜集到很多情报。当他回去向首相复命时，觉得日本应该在中国找一个强有力的人物并加以支持，应改变以前那种霸道的方式，转而运用比较柔和的方式，主要就是通过援助、贷款等经济计划来获得对中国的间接控制，使中国的货币与日元挂钩，然后逐步实现日本以前希望攫取的利益。日本将这种通盘计划视为一种王道的统治策略，而不是霸道的统治策略。寺内内阁随即采纳了西原龟三的建议，寺内首相委任西原龟三来具体操办这一事情。
段祺瑞刚刚在日本人的金元支持下领导讨逆军取得胜利，自然就对日本人抱有好感，他一看日本这次又伸过橄榄枝，而且开的条件很优厚，似乎也不要中国出卖什么国家权益，不像以前一说贷款就要中国放弃诸多主权。现在日本提供的借款不需要抵押，这样的借款谁不愿意要啊？本来段祺瑞是没什么雄心来以武力统一中国的，但这个时候有钱了，有钱就可以放手干了。当时西原借款的数额是很大的，前前后后将近有两亿四千多万，那时这是个天文数字。[注] 段祺瑞自恃财力雄厚，也希望建立赫赫武功，而当时他最大的心腹之患，就是西南军阀以及孙中山在广州建立的非常军政府。
孙中山在讨袁护法的时候就一直很失落，二次革命后他在日本搞了一个中华革命党，中华革命党后来成了一个小圈子，所有人都要按手印向孙中山宣誓，以表示个人效忠。国民党的大部分人都不干，一些有实力的大佬都纷纷抗议，像黄兴、李烈钧、陈炯明等人都不同意，核心圈子内讧使得中华革命党能力很弱。在讨袁革命的时候，孙中山基本没起多大的作用，风头都让进步党，也就是梁启超、汤化龙等人抢去了，这让孙中山很没办法。等到段祺瑞当政时，孙中山又不甘心，就悄悄把中华革命党废了，重新回来当国民党的总理事长，但事实上，孙中山在国民党内部已经离心离德了。此时孙中山既想抗衡北洋势力，又缺乏应有的本钱，于是只能依托西南军阀，依托陆荣廷、唐继尧他们，然后举起护法的旗帜。
这个护法的理由是很牵强的，因为段祺瑞其实已经恢复了民元约法。在粉碎张勋复辟之后，段祺瑞认为第一届国会的任期已经到了，应当改选议员代表。若是按照年头来排，这届议会已经到期（其实已经过了），的确到了重选的时刻。但由于各种原因，比如袁世凯和张勋的两次复辟，第一届国会的实际任期没有到，孙中山就拿这个说事儿。[注] 这么弄就很麻烦，两个人各有各的道理，但其实也是完全可以协商的，但孙中山就像宋案发生时那样，直接搞武装反抗。西南军阀本来就不希望段祺瑞真正统一中国，所以他们也都半真半假地同意参与组建孙中山的护法军政府。当然，对段祺瑞来说，这种事情是不能容忍的，不可能让中国存在两个中央政府，一个在北京，一个在广州。按道理，段祺瑞本来是没能力去征服广东的，但这个时候有日本人的钱了，就可以派兵去打了。所以从1917年下半年开始，南北就开始交战。这都是钱起了作用的，没钱就打不了仗。
北方进攻南方，必须经过湖南这一关。湖南是南方的门户，因此首先就要打湖南。湖南守不住，向南宁求助，桂军一加入，双方就开始拉锯。一开仗段祺瑞就发现一个问题：他没有嫡系武力，想找人打仗就必须给人钱，而这帮军阀拿了钱还不一定就出力打。当时各省督军向南方前线派出的军队都是些乱七八糟的军队，比如此前张勋的辫子军就是被安徽军阀倪嗣冲收编了，段祺瑞让倪嗣冲出兵，他就直接把张勋的部队派出去了，让江苏督军李纯出兵，李纯就把他之前接收的那些杂牌军，比如张宗昌派过去了，当时北方各省各种零散部队都被派到了湖南。在第一轮派兵中，唯一一支像样的嫡系就是第七师，也就是张敬尧的部队。张敬尧的部队在以前还是不错的，当年攻打武汉三镇的时候都非常生猛，经常光着膀子提着大刀往上冲，但现在基本没戏了，也不能打。所以第一轮的战役基本是北方战败。第二轮战役就出了生力军，直隶督军曹锟把他的第三师派来了。曹锟之所以愿意干，是因为当时曹锟和段祺瑞走得比较近，段祺瑞为了促使曹锟出兵，就向他许愿，说第二届国会选举时，一定把曹锟选为副总统，曹锟这人特别喜欢当总统，所以他就答应了[注] 。
再来说吴佩孚。吴佩孚本来是曹锟手下不得重用的一位将领，曹锟从来没觉得吴佩孚是个人物，一直让他当副官长，一直到曹锟驻扎在湖南时才开始重用他。国庆时要举行民众大会，当时湖南督军汤芗铭要找驻军来讲话，但是曹锟哪里干得了这种事儿啊，就让吴佩孚去讲，吴佩孚讲得特好。汤芗铭想，军中哪里有这样的人才啊，这样的人才却只是个马弁头，办公室主任，太可惜了，然后就打电话给曹锟，想索要吴佩孚。曹锟一想，既然你想要，就说明吴佩孚是个人才了，那我干脆自己用吧。当时第三师有两个旅，曹锟就让吴佩孚当其中一个旅的旅长，然后又逐渐升为师长。吴佩孚当时也想打，因为打仗可以建功，而且当时他这师里有个旅长资格比他还老，不听话，他想借打仗之机把他给撸了，后来果真就这样把那人换了。虽然吴佩孚还是忠于曹锟的，但他已经可以自行其是了。
吴佩孚属于北洋军阀的第二代，是很能打的。北洋军阀的第一代虽然也学过军事，有的还留过洋，但学的东西都有限。按照外国武官的说法，他们打仗基本上都是按照演习的方式，一丝不苟地开展，别的都不会。但是第二代就开始有自己的心得了，开始琢磨怎么带兵打仗。吴佩孚也属于那种不爱钱，就喜欢带兵，就喜欢训练军队，喜欢琢磨怎么打仗的人。他的第三师加入后，整个战局就不一样了，一下子就把南军打了个稀里哗啦，从岳州冲到了衡阳。当他进入衡阳城的时候，他和张敬尧同时接到了北京的命令，给张敬尧的命令是委任其为湖南督军，给吴佩孚的是要继续前进，打到广州去。吴佩孚当时就火了：我打下的江山，让别人来当督军，还要我继续拼命！他震怒至极，干脆就屯兵衡阳，不打了，接着就跟南军，也就是当时谭延闿、赵恒惕统领的湘军搭上了话，自此休战。吴佩孚把湘南所有的税收尽数截留，同时还通过曹锟不断地向中央要钱，仗虽然不打了，但钱还是一直要催的。段祺瑞可能一直没觉得其中有问题，就觉得吴佩孚这仗打得很好啊，再往前就到广州了，于是就一个劲儿地督促，希望吴佩孚再接再厉，一直给钱，勉励他继续往前打。虽然吴佩孚不打了，但是段祺瑞相信他还会继续往南打，于是不断地把钱往里砸。吴佩孚就用这些钱继续招兵买马，拼命扩军，新增了好多的补充旅，这样他的一个师可以顶别人的三个师。
这场战争使得吴佩孚迅速崛起。在此前，老直系，也就是冯国璋等人，其实并不希望打，因为这仗若是打赢了，那么他们就无法跟他的老把兄段祺瑞抗衡，那时候段祺瑞的威望就会更高了。本来冯国璋已经处于直皖争斗的下风，这个时候就更不行了，所以只能背后捣乱。在南北开打以前，冯国璋就经常指使长江三督，就是江苏督军李纯、江西督军陈光远和湖北督军王占元等人发些电报，捣捣乱，但是也没有阻止战争开打，也没有阻止战争进行。当时北军的后勤兵站都在湖北，如果王占元真要捣乱的话，可以干很多坏事儿，但他其实也没有干，毕竟此时北洋还没有真正裂变。
总统冯国璋在北京其实就是个囚徒，基本没什么行动自由，也干不了什么事儿。每次小徐找他盖章的时候他都非常痛快，他真不像黎元洪那样，时常还要犯点儿倔脾气。现在想想小徐处死陆建章一事，不管怎样，陆建章当过督军的陆军上将，小徐不经审判就把陆骗到他的司令部吃饭，然后在花园里溜达时，后面一个卫士一枪就把陆毙了。[注] 把人杀了以后，徐树铮又要伪造证据说经过了正式审判，说陆建章干了诸多坏事，而且承认犯罪事实，然后就去找冯国璋盖章。冯国璋看了一下，你居然把陆建章杀了，这是你们闯的祸，我可不同意，但你们是搞责任内阁，你要我盖章我就盖章，但这事儿我不担责任。他就是这样，根本不管政事。据说有一次冯国璋突然不想在北京住了，觉得太闷，他想回南京，就带着卫队南下，走到安徽蚌埠的时候，被倪嗣冲派人截住，然后送回北京。其实他手里有兵，真要动武，倪嗣冲也未必真的敢动手。
接下来，段祺瑞利用西原借款，编练了自己的嫡系武装参战军，刚编好，这边欧战结束，就改成边防军。一战结束，协约国战胜，中国也跟着成了战胜国，段祺瑞的威望达到了顶点，随即却跌落了下来。因为第二年，也就是1919年召开巴黎和会，作为战胜国的中国居然像战败国一样，成为人家的战利品。失去的青岛和山东胶济线收不回来，治外法权不能废除，关税也不能自主，这一切的责任，都落在了段政府的亲日政策上。五四运动爆发，刚开始皖系政府还尽可能地克制，满足学生的要求，但反日运动兴起，还是让皖系大失颜面。这个时候，直系的吴佩孚趁机发难，高调声讨卖国政府，批评皖系的亲日政策。经过五四运动，直系声望直线上升，直皖矛盾也日益激化，皖系政府的合法性受到严重削弱。[注]
第二年夏天，直皖开战。虽然战前皖系在兵力和武器上占优势，但在士气和作战经验上处于下风。作为皖系主力的边防军，虽然装备很好，军官也多为军校学生，但毕竟从未打过仗。加上五四运动刚过，皖系士气低落。所以，接战不久，皖系便大败。说起来，这场几十万人参与的大战，直接战斗却不多，一共死伤不过几百人。由于此前徐树铮已经得罪了奉系的张作霖，所以，在战争中，奉系帮着直系。
战争结束，作为最大军阀集团的皖系基本瓦解。北京政府由直系和奉系两家控制，当然，直系的份额要大一点。在这种情况下，直系和奉系的矛盾就开始激化。奉系张作霖的胃口很大，步步紧逼。曹锟犹可，吴佩孚却不买账。五四以后，吴佩孚变得非常“进步”，因为他占了进步和爱国的便宜，得了甜头。他对于张作霖这种思想落后，又是绿林出身的人，压根就看不起。况且，直奉之间，不仅观念有别，也的确存在着利害冲突。所以，不到两年，双方就打了起来。相比直皖战争，第一次直奉战争的激烈程度要稍高一点。奉系的军队虽然装备不错，但依旧是巡防营的套路，指挥官多为张作霖做胡子时的班底，所以一败涂地。幸亏郭松龄和张学良训练的二、六旅还能打一点，又加上日本人的袒护，奉军总算退出了关内。从此之后，直系独占北京政府。
但是，直系内部很快就出现了问题。首先是内部分裂，曹锟周围人的保派（保定）和吴佩孚的洛派（洛阳）出现分歧。吴佩孚跟直系另一员大将冯玉祥也闹得势同水火。由于吴佩孚高调爱国，所以，直系控制的政府，不能做任何以往政府跟列强做的交易，因此财政极为困窘，不仅政府工作人员欠薪，连直系的军队也欠饷。在这种情况下，曹锟还要过总统瘾，花大钱收买议员，投票让他当总统，弄得直系声名狼藉。1924年，奉系在准备了两年之后终于发难，奉直双方爆发第二次大战。由于事先奉系已经收买了冯玉祥，所以，在战争进行过程中，冯玉祥突然倒戈，会师北京，囚禁了曹锟，导致前线溃败。
战后，北京政府由冯玉祥和奉系联手控制，重新抬出段祺瑞做临时政府的执政。但奉系的实力要大大超过冯玉祥，不久，奉系和冯系闹翻。在一连串交战中，冯玉祥的国民军失败，冯玉祥下野，北京政府由奉系单独掌控。
然而，奉系的迅速扩张，又引起了关内各派军阀的紧张。孙传芳崛起于东南，吴佩孚也在各地军阀的拥戴下再度出山，号称十四省联军总司令。于是形成了张作霖、孙传芳和吴佩孚三足鼎立的局面。但是，这个时候，国共合作的国民革命开始了。自五四形成的民族主义和进步思潮，最终合流为国民革命。由于列宁主义的思想和组织渗入，国民党面目一新。在国民党旗下的军队开始北伐，但此时所谓的三大军阀却各怀鬼胎，因此被北伐军各个击破。到1928年，张作霖出关被日本人炸死，北京被北伐军占领，北洋军阀时代就结束了。民国，进入了国民党统治时期。
参见（日）胜田主计：《确定对中国借款方针》，载《近代史资料》，1981（2），209页。
西原借款，据他自己统计，一共有八项，合计一亿四千五百万日元。当时日元跟中国货币的比价，一日元等于一银元。在寺内内阁期间，日本对华五百万以上的借款，累计达两亿一千万余。
发起战争说起来有点牵强，毕竟第一届国会不是老段给解散的，而且第一届国会被那样不明不白地解散，还属于共和制被颠覆的紧要关头，居然连一点挣扎反抗都没有，实在令人看它不起。
曹锟是袁世凯的小站旧人，当兵前在保定做过布贩子。在北洋军里，曹锟是出了名的憨，人送外号“曹三傻子”。他的特点是待人宽厚、老实听话，听话到了绝对服从的地步。在那时候的军队里，这是很受上司欢迎的一种品质。不过，看起来很憨的曹锟，其实并不真的傻，在很多关键问题上，还是相当明白的，至少他懂得什么时候该靠谁。
陆建章是冯玉祥的恩主。1925 年，冯玉祥又指派人手，在河北廊坊将徐树铮刺杀。
参见张鸣：《北洋裂变：军阀与五四》，桂林：广西师范大学出版社，2010。